El fortalecimiento de la Sociedad pasa por incorporar a todos los grupos que trabajan en la disciplina de los trasplantes, para ello en el año 2004 se organizaron reuniones con todos los sectores: Trasplante Renal, Hepático, Corazón-Pulmón, Médula Ósea, y Enfermería en Trasplante. De esta manera, se conformaron los departamentos de cada una de las especialidades, eligiéndose sus representantes a través de un Director y un Secretario, en el caso de Enfermería ellas decidieron crear el cargo de presidenta por el cargo de Director que deberán ser elegidos cada dos años.
En el año 2006 se conformaron los Departamentos de Trasplante Óseo y Tejido Músculo esquelético y el Departamento de Trasplante de Tejido Corneal.
Las tareas de los Departamentos son incentivar las actividades científicas integrando a todos los grupos, crear consensos en los distintos tópicos, tener una representación directa con el Directorio y autoridades en forma activa y representativa.
