La Sociedad Chilena de Trasplante para cumplir sus funciones,  tiene una organización interna constituida por el Directorio, Comités y los Departamentos de cada una de las especialidades.

El Directorio se compone del Presidente, Vicepresidente, Secretario, Tesorero y cuatro Directores elegidos por la Asamblea General de Socios. El Directorio durará dos años en sus funciones, pudiendo ser reelegido.

La Sociedad Chilena de Trasplante, en su afán de mejorar el nivel científico de la entidad, creo en el año 2000 dos importantes Comités:

1. Programar actividades científicas durante el año.

2. Revisar publicaciones nacionales e internacionales que puedan ser entregadas a través del boletín de la Sociedad que publicará periódicamente.

3. Seleccionar trabajos científicos de Trasplante presentados en los Congresos para su publicación en la Revista Transplantation Proceedings.
4. Participar activamente en la selección de los trabajos libres que se presentan en las diferentes jornadas que impulse la Sociedad.

5. Participar en la elección del mejor trabajo científico presentado en los Congresos para su premiación.

6. Participar en la elaboración a mediano y largo plazo de proyectos que involucren el desarrollo científico del Trasplante en nuestro país, y que incluya la participación de trabajos cooperativos de trascendencia.

Los integrantes de este Comité durarán en sus funciones 2 años, pudiéndose renovar en un período mayor si el Directorio así lo solicitase. La Presidencia le corresponde al Past President del período.

1. Participar en la definición de los aspectos éticos de los Trasplantes en el país.

2. Defender los aspectos gremiales de la Sociedad.

3. Representar a la Sociedad Chilena de Trasplante, junto a su Directorio en distintos eventos públicos donde se analizan  estos aspectos.

4. Reunir material, asesorarse de personas especializadas en este aspecto (Psiquiatría, Sociología, Periodismo, Religión, etc.) para ir constituyendo documentos que la Sociedad tenga y divulgue en sus asociados y la Sociedad misma.

Los integrantes de esta Comisión durarán en sus funciones 2 años, pudiéndose renovar un período mayor si el Directorio así lo solicitase.

Las tareas de los Departamentos son incentivar las actividades científicas integrando a todos los grupos, crear consensos en los distintos tópicos, tener una representación directa con el Directorio y  autoridades en forma activa y representativa.